6 choses à savoir pour une coloration optimale des gels d’acides nucléiques : les solutions GelRed et GelGreen

Pour une alternative plus sûre au bromure d’éthidium (BET) pour vos gels d’ADN, les GelRed® et GelGreen® sont les seuls colorants de gel imperméables aux membranes cellulaires. Des tests approfondis démontrent que les colorants GelRed® et GelGreen® sont non toxiques, non mutagènes et non dangereux pour leur élimination. En outre, ils offrent une sensibilité plus élevée et un faible bruit de fond.

L’utilisation la plus courante des colorants d’acide nucléique GelRed® et GelGreen® est dans les gels d’agarose pré-coulés, où les colorants sont ajoutés à l’agarose fondu pendant la préparation du gel.
Cet article aborde les points à garder à l’esprit pour tirer le meilleur parti de ces colorants plus performants à bien des égards, et résoudre d’éventuels problèmes apparus par méconnaissance de leurs spécificités.
Ainsi, en raison de leur plus grande taille conçue pour améliorer la sécurité, la migration des bandes d’ADN dans les gels pré-coulés peut parfois être affectée. Certains échantillons, tels que l’ADN coupé par des enzymes de restriction, peuvent migrer anormalement dans les gels pré-coulés avec le GelRed® ou le GelGreen®.

1. GelRed® et GelGreen® sont des colorants plus gros que le BET, une caractéristique de conception liée à leur sécurité

C’est la raison pour laquelle l’ADN en trop grande quantité entraîne des bandes courbées (smears), et une migration d’ADN aberrante. La quantité de charge recommandée pour les échantillons de concentration connue ou de marqueurs de poids moléculaire d’ADN est de 50-200 ng / puits. Pour les échantillons de concentration inconnue, la charge de 1/2 à 1/4 de la quantité habituelle d’ADN résout habituellement les problèmes de migration.

Coloration de dilutions en série de ladder d’ADN 1 kb  (200 ng, 100 ng, 50 ng et 25 ng) en gel pré-coulé d’agarose 1% dans un tampon TBE. À gauche : Comparaison du GelRed® et du bromure d’éthidium (EtBr). À droite: Comparaison du GelGreen® et du Colorant Safe.

2. GelRed® et GelGreen® sont des colorants ultra-sensibles, plus sensibles que le BET

Des quantités d’ADN faibles (0,1 ng ou moins) peuvent être détectées de manière fiable. Le chargement d’une quantité élevée d’ADN n’est pas nécessaire, et peut entraîner au contraire des problèmes de migration de l’ADN. Un chargement de plus faibles quantités d’ADN donne une meilleure séparation et des bandes plus nettes, économisant les échantillons précieux, les marqueurs d’ADN et diminuant ainsi les coûts.

3. GelRed® et GelGreen® donnent une coloration plus homogène et stable à travers le gel

Les  GelRed® et GelGreen®, plus lourds, ne migrent pas à travers le gel aussi vite que le BET. Ainsi ils évitent la perte de coloration, ou la faible coloration des bandes d’ADN de faible poids moléculaire observée avec le BET. Avec les GelRed® et GelGreen®, 1l n’est pas nécessaire d’ajouter un colorant supplémentaire au tampon d’électrophorèse.
Par ailleurs, la coloration par le GelRed est aussi plus homogène entre expériences du fait de sa meilleure stabilité que les colorants ‘Safe’.

4. L’utilisation d’un pourcentage de gel plus faible et une capacité tampon plus élevée peuvent améliorer la résolution de bande avec les GelRed® et GelGreen®

Comme les GelRed® et GelGreen® sont des colorants plus gros que le BET, l’ADN de haut poids moléculaire se sépare mieux sur des gels d’agarose à pourcentage inférieur.
Une résolution séparative insuffisante peut aussi être améliorée par un tampon plus fort et salin : Essayez le TBE si vous utilisez le TAE.

5. Stocker les solutions concentrées de GelRed® et GelGreen® à température ambiante.
Évitez de stocker des gels pré-coulés avec les GelRed® ou GelGreen® à 4°C.

Une faible fluorescence, une diminution de la performance du colorant au cours du temps ou un film de colorant restant sur le gel après la coloration sont des indications que les colorants peuvent avoir précipités, notamment à froid. Chauffer les solutions de colorant à ~ 50°C, et bien mélanger en vortexant.
Les gels précoulés contenant les GelRed® ou GelGreen® peuvent être stockés pendant une semaine ou un mois, respectivement, avant utilisation. Nous recommandons de conserver les gels à température ambiante (et non +4°C qui favorise la précipitation des colorants), dans l’obscurité et notamment s’ils ont été migré.

6. La post-coloration élimine toute possibilité d’interférence du colorant avec la migration de l’ADN

Avec des gros colorants à haute affinité pour les acides nucléiques comme les GelRed® et GelGreen® qui peuvent affecter la migration de l’ADN pendant l’électrophorèse, la post-coloration des gels est recommandée pour des séparations plus précises et résolutives . La post-coloration est également recommandée pour (i) une charge supérieure de la quantité recommandée d’ADN, (ii) une utilisation de tampons de charge contenant du SDS, qui peut contribuer aux bandes courbées (smears), ou (iii) un problème persistant de migration de bandes dans les gels pré-coulés avec les GelRed® ou GelGreen®. La post-coloration peut prendre de 5 à 30 minutes, selon la quantité d’ADN présente, et la solution peut être réutilisée.